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《分子生药学》获中华中医药学会学术著作一等奖为了奖励在我国中医药科研领域、学术领域以及在自主创新工作中取得优秀成果的集体和个人，经中华中医药学会组织专家进行评审和公示，并经中华中医药学会常务理事会确认，授予了一批集体和个人科学技术奖、李时珍医药创新奖和学术著作奖。其中《分子生药学》一书荣获中华中医药学会学术著作奖一等奖。
分子生药学是生药学与分子生物学相互融合而形成的一门新兴交叉学科，由我所黄璐琦研究员于1995年首次提出并得到快速发展。2000年编著的《分子生药学》系统介绍了分子生药学科的概念、方法及研究领域和进展。其中主要有药用植物的分子系统学、药用植物种质资源的分子生物学、生药鉴定的分子标记、药用植物有效成分基因调控以及药用植物转基因器官和细胞培养生产天然活性成分化合物等5个研究领域。
2006年，针对分子生药学拓展的研究领域，在第一版进行补充和完善的基础上，出版了《分子生药学（第二版）》。与第一版相比，第二版增加了部分最新的研究方法，包括生物芯片技术（第五章）、药用化学成分生物转化方法及技术（第七章）、反应器技术（第八章）、与分子生药学相关的专利申请（第十章）等。并围绕着近年来分子生药学研究取得的成果，增加了道地药材形成的分子机理研究（第十四章）、珍稀濒危中药资源的遗传多样性分析和保护策略研究（第十五章）、药用植物抗性基因工程研究（第十六章）、药用化学成分的生物转化及分子机理研究（第十七章）等研究领域。提出了一系列的新观点和新见解，与时俱进地体现了分子生药学研究领域的热点和重点，预示着中药资源和中药鉴定研究的新方向。
《分子生药学》的出版被著名学者谢宗万先生誉为“这部书作为第一次正式出版，其意义十分重大，且涉及到分子生药学这个分支学科创立的大问题，因而它将作为我国药学特别是生药学发展史上的一件重大创举而载入我国药学史册”（中国中药杂志，2001年，见附件）。该书迅速成为北京大学、复旦大学、华西医科大学的研究生教材，台湾知音出版社于2002年购买了本书中文繁体版的版权，在海外出版发行，以满足海外读者对本书的需求。2008年出版了本科生的《分子生药学》教材，迄今全国己有10所高校开设该课程。由《分子生药学》所指导的科研项目，2003年“栝楼属植物的系统演化及其药材的分子鉴定研究”，2008年“珍稀濒危常用中药资源五种保护模式的研究”先后获国家科技进步二等奖。
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