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中药理论与本草文献研究中心何谓本草？后蜀韩保昇云：“药有玉、石、草、木、虫、兽、而直云本草者，为诸药中草类最多也。”道出了中药组成的特点。由于药物中以草类为最多，因此，人们习惯上用本草来代称药物。
文献一词，早在孔子时已有应用。当时认为，文，即是指文章，献，即是指贤才，是物和人的并称。今文献一词则专指文字、图书、文物、古迹、影像资料、电子文件等。
中国中医科学院中药研究所本草文献室就是以研究与药物相关的文字、图书、文物、古迹、影像资料、电子文件等为主的研究室。
成立背景
中国中医科学院中药研究所本草文献室成立于1983年，建室之初名为中药文献研究室，由中医药专家刘文巨挂帅任室主任，网罗了一批有志于从事中医药文献整理研究的中青年工作者，以整理古代本草文献为主要工作任务。
随着编撰和研究工作的开展与深入，本室研究人员逐渐认识到我国中医药宝库的博大精深。但由于年湮世远、兵拏祸结，中医药文献已经变得残缺不全，再者古今文义不同，造成了阅读的困难，使得宝贵的中医药文献无法更好的被加以利用。鉴于此，本草文献室修改了方向，把最初单纯的整理古文献为目的的工作调整到整理、发掘中医药文献古籍，弘扬中医药文化。
发展沿革
继任的2代科室主任，章国镇研究员及张瑞贤研究员继承了这一方向，并在研究方向和方法上进行了更多的补充。他们进一步认识到，本草文献的研究是跟本草史紧密联系在一起的，脱离了本草史单纯研究文献无从下手，而在掌握和了解本草史的基础上研究本草文献则事半功倍。因此，他们将本草史学的研究作为一个研究方向纳入研究领域。
20世纪80年代，随着大规模集成电路计算机进入中国，其强大的文字处理与检索功能逐渐被人们认识到，这无疑为中医药文献繁琐的文字研究工作提供了强大的动力和技术。他们及时捕捉了这一契机，利用现代计算机技术，整理和发掘中医药古籍。
1990年，继任主任章国镇研究员为完成著名生药学家赵燏黄先生的遗愿，带领科室人员向社会各方人员奔走呼吁，申请编撰当代《本草纲目》——中华本草。课题最终得到了国家中医药管理局的立项，成立国家中医药管理局《中华本草》编委会，本室章国镇研究员，及中药所谢宗万、王孝涛研究员均作为副总编加入到该书的编写工作中。《中华本草》1999年得以出版，共2400万字，34卷，共收入中医药物达8980味，是迄今为止所收药物种类最多的一部本草专著，代表了我国当代中医药研究最高和最新水平。
我国植物品种繁多，加上幅员辽阔，药物的地域性称谓也层出不穷，使得自古以来就出现了文献上药物品种记载混乱的问题。作为本草文献的研究者，弄清药物品种是义不容辞的责任。因此，又开辟了药物本草考证的研究方向……
1993年，已任科室主任的张瑞贤研究员以敏锐的目光觉察到，中医药研究不能搞成空中楼阁，而应以其研究成果来提高中医药诊疗水平，进一步服务于人们大众。因此，他带领本室人员不辞辛苦，宣讲中医药科普的重要性，创立本所第一个也是唯一一个中医药科普杂志——《家庭中医药》杂志，作为中医药科普的阵地。
1994张瑞贤研究员成功申请所级课题——龙门药方的研究，调查洛阳龙门石窟药方洞沿壁南北及北侧洞内局部壁上镌刻了100余首药方，经过课题组成员3年的研究编著《龙门药方释疑》一书，该书是最完整、最接近原貌的龙门药方辑校注释本。创造了本草文献学史上的诸多“第一”，如首次提出其刻于唐初高宗永徽元年至四年（公元650～653年），首次发现其与敦煌卷子中的《备急单验药方》的同源关系等等，在中医药文献史上产生了重要的影响。获1998年国家科学技术学术著作出版基金资助，该书还获得中国大学版协中南地区1997~1988年优秀学术著作一等奖。2001年获“康莱特杯”全国中医优秀学术著作评选二等奖。
1998年由华夏出版社出版张瑞贤主编《历代本草名著集成》收录历代本草名著《汤液本草》《本草蒙筌》《本草备要》《本经逢原》《得配本草》《本草纲目拾遗》《本草求真》《本草崇原》《神农本草经百种录》《本草分经》《本草思辨录》等11部，精选版本，严格校注。本系列《历代中医名著文库》获得1999年度国家科技进步奖（科技著作）、全国优秀科技图书奖三等奖。
刘文巨主持研究的“中药川芎南药北移的研究”获（1974-1976）院级奖，由张瑞贤主持研究“《医心方》的文献整理研究”获2000年度院级科技成果二等奖，2000年《本草纲目》之门研究获自然科学基金委首次科普项目资助。
2006年，中药所人事改革，科室面临重新调整，中药文献室分为本草文献研究室与《家庭中医药》杂志社两个部门。张瑞贤研究员面临着两难选择，一边是自己亲手创立的《家庭中医药杂志》，一边是他热爱的本草文献研究工作。他依然决然的选择了后者，担任了本草文献研究室室主任。虽然面临着科研人员的不足和政策上的不支持，他仍然带领科室研究人员兢兢业业，继承创新。近五年内，在研究领域取得了不菲的成绩。
2006年，本科室首次成功申请国家级科研课题——文革期间中草药运动资料收集整理研究。这也是对文化大革命期间中草药运动史的首次分析及中草药资料的首次整理与研究。
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